Portál stavebníka z hlediska funkcionality, kompatibility a obsahu vykazuje po prvních třech týdnech provozu řadu nedostatků. Na základě podnětů od autorizovaných osob Komora požádala o přednostní nápravu osmi hlavních problémů, kterými jsou způsob přihlašování pouze přes identitu občana a nemožnost identifikace prostřednictvím IČ nebo autorizace, nepohodlné oslovování dotčených orgánů, chybějící přechodné období při zavádění portálu stavebníka, neexistující kontrola při nahrávání podkladů před odesláním žádosti, chybějící verzování aktualizací systému, chybějící automatické přiřazení příslušnému stavebnímu úřadu dle katastru, v němž se stavba nachází. Zároveň upozornila na další méně závažné nedostatky spíše kosmetického charakteru.